Forud for grusgravning nordvest for Espe har arkæologer fra Odense Bys Museer haft lejlighed til at prøvegrave et areal på 42.000 m2. Lokaliteten er højt beliggende i landskabet på sydsiden af en markant ås og med god udsigt over landskabet. På et sandet plateau lige nedenfor toppen af åsen fremkom spor efter oldtidsbebyggelse i form af stolpehuller og gruber.
Prøvegravningen førte i sommeren 2005 til en egentlig udgravning af et 4500 m2 stort areal. Et spændende perspektiv ved undersøgelsen var muligheden for at finde bebyggelsen til de rige grave fra romersk jernalder, som er fundet i nærheden af Espe i sidste halvdel af 1800-tallet. Ved udgravningen kunne det dog konstateres, at bebyggelsen på stedet var langt ældre, nemlig fra bondestenalderen (ca. 3900-1700 f.Kr.).
Der er på arealet udgravet tre langhuse samt flere koge- og affaldsgruber. To huse er orienteret øst-vest, mens et tredje hus er orienteret nord-syd. Nord for husene lå et område med kogestensgruber, mens der mod sydøst fandtes et område med affaldsgruber. Husene er såkaldt midtsulehuse, dvs. at der ned igennem husets midte har stået en enkelt række stolper, der har båret taget. Denne hustype findes gennem hele bondestenalderen og begyndelsen af bronzealderen. I den ældre del af bronzealderen afløses midtsulehuset som type af det såkaldt treskibede hus, hvor taget bæres af to parallelle stolperækker.
Midtsulehusene fra Espe er henholdsvis 10, 12 og 14,5 m lange og består af fire eller fem tagbærende stolper der er placeret med 2 til 4 meters mellemrum.
På trods af, at stolpehullerne på bopladsen har ligget beskyttet af et op til 1 m tykt lag muld er der ikke fundet spor af husenes vægstolper. Dette kunne tyde på, at vægstolperne ikke har været nedgravet i jorden, men måske har stået på syldsten som det bl.a. kendes fra middelalderen. Ved Krogsbølle på Nordfyn er der udgravet lignende midtsulehuse, og også her mangler vægstolperne.
Der er endnu kun fundet få huse fra bondestenalderen på Fyn. Dette betyder dog næppe, at Fyn har været meget tyndt befolket i denne periode. Tværtimod peger antallet af megalitgrave og store samlingspladser af såkaldt Saruptype på, at Fyn har været jævnt bosat i bondestenalderen. De fåtallige hustomter skyldes nok nærmere, at man i det virvar af stolpehuller og nedgravninger, der ofte tegner sig på en udgravning, kan have vanskeligt ved at udskille midtsulehusenes enkelte tagbærende stolperække. Desuden findes bondestenalderens bopladser ofte på sandet jord, hvor stolpehullernes fyld tit er meget lys pga. udvaskning. Den sandede undergrund betyder samtidig at stolperne er udsat for forstyrrende dyreaktivitet.
Husene fra Espe er endnu ikke kulstof-14 daterede, ligesom der ikke er fundet keramik eller flintgenstande i stolpehullerne, der kan datere husene mere præcist end til bondestenalderen eller ældste bronzealder generelt. I nærheden af husene er der dog fundet en affaldsgrube med keramik og dele af ophuggede slebne flintøkser, der kan dateres til den såkaldte tragtbægerkultur, ca. 3900-2800 f.Kr. En anden affaldsgrube på bopladsen indeholdt foruden flintafslag en omhyggeligt fladehugget pilespids fra den sidste del af bondestenalderen eller ældste bronzealder, ca. 2400-1700 f.Kr. Noget tyder altså på at der har været aktiviteter på stedet i flere perioder af bondestenalderen.
I området omkring Espe er der ved flere lejligheder gjort fund fra bondestenalderen. I forbindelse med markafsøgninger er der flere steder fundet dele af slebne flintøkser af samme type som de øksestykker, der er fundet ved udgravningen, samt dele af fladehuggede dolke fra den sidste del af bondestenalderen. Interessant er også et fund fra Nybølle, der er fremkommet ved tørvegravning. Her fandt man en pilespids af samme type som den, der er fundet ved udgravningen i Espe.
